ฉันบริจาคกระดาษชำระที่ใช้แล้วให้กับวิทยาศาสตร์
การกระทำนี้ไม่ใช่การเล่นตลกหรือการประท้วงที่แปลกประหลาด มันเป็นความพยายามที่จะค้นพบจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในลำไส้ของฉัน
จุลินทรีย์เหล่านั้นในและบนร่างกายของคุณเว็บสล็อตแท้รวมถึงแบคทีเรียซึ่งมีจำนวนมากกว่าเซลล์ของคุณเอง 10 ต่อ 1 ร่วมกับเชื้อรา อาร์เคีย ไวรัส และสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวอื่นๆ พวกมันถูกเรียกรวมกันว่าไมโครไบโอม และส่งผลกระทบต่อสุขภาพ ของเรา ในรูปแบบต่างๆ มากมาย ทั้งดีและไม่ดี ด้วยเหตุนี้ การวิจัยไมโครไบโอมจึงกลายเป็นหัวข้อที่ร้อนแรงที่สุดในการวิจัยด้านวิทยาศาสตร์เพื่อชีวิตในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา ฉันรู้เพียงเล็กน้อยเมื่อเริ่มทำภารกิจส่วนตัวเพื่อเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับจุลินทรีย์ที่ฉันอาศัยอยู่ว่าฟิลด์นี้ยังไม่เป็นที่จดที่แผนที่และเล่นฟรีเหมือน Wild West
ก่อนปี 2013 เกี่ยวกับวิธีการเดียวที่คุณจะได้รับการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของไมโครไบโอมของคุณเองคือการเข้าร่วมการศึกษา ถึงอย่างนั้น ข้อมูลของคุณก็จะไม่เปิดเผยตัวตน และคุณอาจจะไม่มีวันเรียนรู้สิ่งที่นักวิจัยพบในลำไส้ ปาก ช่องคลอด จมูก หรือบนผิวหนังของคุณ แต่ในปีที่แล้ว บริการสองอย่างAmerican GutและµBiome (ออกเสียงว่า you-biome) เปิดตัวผ่านเว็บไซต์ระดมทุนIndiegogo บริษัทเหล่านั้นจะจัดลำดับไมโครไบโอมของคุณในราคาเพียง 100 ดอลลาร์ และส่งรายงานผลการวิจัยให้คุณ
สมัครทั้งคู่ค่ะ สำหรับ µBiome ฉันได้เช็ดปากเพื่อเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับผู้อยู่อาศัยในนั้น และฉันก็เอาเคล็ดลับ Q-tip ยักษ์ที่หน้าผากของฉันเพื่อให้ American Gut สามารถบอกฉันว่ามีอะไรอยู่บนผิวของฉัน และฉันส่งตัวอย่างอุจจาระไปทั้งสองที่ ฉันให้บริการใกล้เคียงกับตัวอย่างที่ทำซ้ำที่สุดเท่าที่จะทำได้ โดยปัดสำลีก้อนใหญ่บนกระดาษชำระที่ใช้แล้วส่วนเดียวกันตามคำแนะนำของพวกเขา ภายในระยะเวลาไม่กี่วินาที ฉันเขียนเกี่ยวกับผลลัพธ์เบื้องต้นที่ µBiome ส่งให้ฉัน แต่ต้องใช้เวลาอีกหลายเดือนกว่าจะได้ผลลัพธ์กลับมาจาก American Gut ยังรอผลผิวอยู่นะคะ
พอผลลำไส้ชุดที่ 2 เข้ามา ฉันถึงกับช็อค ผลลัพธ์ไม่ตรงกับ µBiome เลย อันที่จริง พวกมันเกือบจะตรงกันข้ามกันโดยสิ้นเชิงในแง่ของสัดส่วนของ Firmicutes และ Bacteroidetes ที่ประกอบเป็นไมโครไบโอมในอุจจาระของฉัน Firmicutes และ Bacteroidetes เป็นไฟลาแบคทีเรียหลักสองชนิดที่พบในลำไส้ของมนุษย์ และสัดส่วนของพวกมันสามารถบอกอะไรมากมายเกี่ยวกับอาหารและสุขภาพของคุณ
บล็อกเกอร์ที่ติดตามฟีด Twitter ของฉันถูกรบกวนจากความคลาดเคลื่อนและเรียกร้องให้ American Gut และ µBiome อธิบายว่าตัวอย่างเดียวกันสามารถให้ผลลัพธ์ที่แตกต่างกันอย่างมากได้อย่างไร
ปรากฎว่าฉันไม่ใช่คนเดียวที่สังเกตเห็นปัญหา เกี่ยวกับการวิเคราะห์ไมโครไบโอมในอุจจาระของบริษัท บล็อกเกอร์รายหนึ่งพบความแตกต่างระหว่างจุลินทรีย์ที่นำมาจากสองส่วนที่แตกต่างกันเอ่อ ตัวอย่าง เป็นที่น่าสังเกตว่า American Gut และ µBiome เห็นด้วยกับการผสมจุลินทรีย์ในส่วนหนึ่งของมูลของเธอ แต่เธอเพียงส่งส่วนอื่นของตัวอย่างไปยัง American Gut เท่านั้น นั่นทำให้ยากมากที่จะตัดสินว่าตัวอย่างอุจจาระเดียวกันสามารถแตกต่างกันอย่างมากหรือหากมีบางอย่างในกระบวนการจัดลำดับและการวิเคราะห์ให้ผลลัพธ์ที่แตกต่างกันมาก
แล้วมีอะไรผิดพลาดกับไมโครไบโอมของฉันบ้าง?
บางทีอาจไม่ได้เก็บตัวอย่างอย่างถูกต้อง ตามคำแนะนำในการสุ่มตัวอย่างของ American Gut สิ่งที่เป็นสีน้ำตาลมากเกินไปอาจรบกวนวิธีการที่นักวิทยาศาสตร์ใช้ในการทำลายแบคทีเรียแบบเปิดและดึง DNA ที่อยู่ภายในออกมา น้อยไปและอาจไม่ได้คำตอบเลย ฉันคิดว่าฉันเคยใช้ความแม่นยำเหมือน Goldilocks และบริการจัดลำดับอันหนึ่งหรือทั้งสองอย่างนั้นต้องไม่ถูกต้อง
ความเป็นไปได้อีกอย่างหนึ่ง: การแก้ไขข้อมูลอาจแตกต่างกันระหว่างบริษัท บล็อกเกอร์อีกคนหนึ่งซึ่งเป็นนักชีวสารสนเทศได้รับผลลัพธ์ ที่แตกต่าง จาก American Gut ที่รายงานให้เขาทราบเมื่อเขาใช้ซอฟต์แวร์ของตัวเองในการวิเคราะห์ข้อมูลดิบ ปรากฎว่าแบคทีเรียบางชนิดเติบโตในขณะที่อยู่ในจดหมายและสามารถรับตัวอย่างได้ ดังนั้น American Gut จึงแก้ไขรายงานที่ส่งไปยังผู้เข้าร่วมเพื่อพิจารณาถึงการเจริญเติบโตมากเกินไปนั้น
ในท้ายที่สุด ฉันคิดว่าฉันจะไปหาผู้เชี่ยวชาญเรื่องขี้ ฉันติดต่อเจสสิก้า ริชแมนหนึ่งในผู้ร่วมก่อตั้ง µBiome และร็อบ ไนท์หนึ่งในผู้นำด้าน ไมโครไบโอม กลุ่ม แล็บของเขาดำเนินโครงการ American Gut ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของภารกิจเพื่อเรียนรู้ว่าการควบคุมอาหาร วิถีชีวิต ภูมิศาสตร์ และตัวแปรอื่นๆ มีอิทธิพลต่อไมโครไบโอมอย่างไร
พวกเขาทั้งสองให้คำอธิบายทางเทคนิคหลายประการเกี่ยวกับสิ่งที่อาจทำให้ผลลัพธ์บิดเบือน Richman นำเสนอความเป็นไปได้มากมายในบล็อกโพสต์ที่เผยแพร่บนเว็บไซต์ของบริษัท ผู้สมัครหมายเลขหนึ่งของเธอคือเทคนิคการสกัด DNA ซึ่งเป็นเทคนิคที่ฉันระมัดระวังไม่ให้เข้าไปยุ่งเกี่ยวกับการทำให้อุจจาระมากเกินไป ดูเหมือนว่าบริการจะใช้ชุดเครื่องมือต่างๆ เพื่อกำจัดแบคทีเรียแบบเปิดและเข้าถึงความดีทางพันธุกรรมภายใน นักวิจัยคนอื่นๆ สังเกตเห็นว่าวิธีการสกัดดีเอ็นเอสามารถสร้างความแตกต่างอย่างมากในผลลัพธ์ ดังนั้น µBiome จึงตรวจสอบข้อมูลของฉันอีกครั้งและปรับให้เข้ากับวิธีการแยกข้อมูลที่แตกต่างกัน และได้ผลลัพธ์ที่ใดที่หนึ่งที่อยู่ตรงกลางของสองโปรไฟล์ดั้งเดิม — แต่ยังคงใกล้เคียงกับการวิเคราะห์ดั้งเดิมของ µBiome
แต่การสกัดดีเอ็นเอไม่ใช่สิ่งเดียวที่อาจผิดพลาดได้ ดูเหมือนว่าทุกขั้นตอนของกระบวนการ ตั้งแต่การรวบรวมตัวอย่างผ่านโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูล DNA ล้วนแล้วแต่เป็นผู้กระทำผิด หรืออย่างที่ Knight กล่าวไว้ “ทุกสิ่งที่ไม่น่าจะเป็นไปได้ และการค้นหาว่าสิ่งใดเป็นความจริงนั้นยาก”
นี่เป็นเรื่องน่าปวดหัวสำหรับคนในวงการไมโครไบโอม ห้องแล็บต่างๆ ที่ใช้โปรโตคอลของตนเองสามารถได้รับคำตอบที่หลากหลายสำหรับคำถามเดียวกัน เช่น จุลินทรีย์ชนิดใดที่สัมพันธ์กับโรคลำไส้แปรปรวนหรือมะเร็งลำไส้เว็บสล็อตแท้
